Na zijn studies Musicologie aan de K.U.Leuven en de universiteit van Berlijn studeerde Stephan Weytjens orgel aan het Lemmensinstituut (LUCA School of Arts). Vervolgens werkte hij als onderzoeker aan de K.U.Leuven, waar hij een doctoraatsthesis schreef over Arnold Schönbergs compositie “Pierrot lunaire”: “Text as a Crutch in Arnold Schoenberg’s “Pierrot Lunaire” op. 21? An Analysis of the Relationship between Textual Aspects and Musical Structure in Free Atonality”, Leuven: K.U. Leuven, 2003.
Dit doctoraatsproefschrift werd sindsdien geciteerd in heel wat gezaghebbende internationale publicaties waaronder “The Cambridge Companion to Schoenberg” (Cambridge University Press, 2011) en Jack Boss’ “Schoenberg's Atonal Music” (Cambridge University Press: 2016).
Stephan Weytjens publiceerde artikelen in internationale vaktijdschriften en gaf lezingen tijdens internationale musicologische congressen in o.m. Wenen (Arnold Schönberg Center), Parijs (Université de Paris-Sorbonne) en New York City (Mannes Institute for Advanced Music Studies, NYC).
Hij is co-auteur van de boekpublicaties “Tempo en Tijd in de hedendaagse muziek” (Leuven: Acco; 2007), en “Trompe l’oreill. Researching Innovative strategies towards ‘illusive’ sound-process composition”, (Leuven: Acco, 2014).
Daarnaast schrijft hij geregeld programmateksten voor deSingel, geeft hij concertinleidingen, is hij nog steeds actief als organist, en begeleidt hij muziek- en cultuurreizen voor de organisatie Cimarosa (o.m. naar het Bachfest Leipzig, Festival Thüringer Bachwochen, Innsbrucker Festwochen der Alten Musik, Berlijn, Dresden, Kopenhagen, Londen, Edinburgh en New York).
Stephan Weytjens is verbonden als docent Muziekgeschiedenis, Muziekanalyse en Muziekschriftuur aan het Koninklijk Conservatorium van Antwerpen.