Annelies Focquaert behaalde in 2001 haar diploma orgel in de klas van Joris Verdin aan het Koninklijk Conservatorium van Antwerpen. Nadat ze in 2006 laureate werd van het Gentse Orpheus Instituut met een onderzoeksproject rond de Belgische organist Jacques-Nicolas Lemmens, verdedigde ze in oktober 2014 met succes haar doctoraat in de kunsten over dezelfde componist (Associatiefaculteit Universiteit Antwerpen - Artesis Plantijn Hogeschool).
Na een opdracht als projectcoördinator voor het Orgel in Vlaanderen vzw, is ze sinds 2005 als wetenschappelijk medewerkster verbonden aan het Studiecentrum voor Vlaamse Muziek vzw in Antwerpen. Momenteel geeft ze les orgel, klavecimbel en begeleidingspraktijk aan de academies van Antwerpen en Hemiksem.
Naast verschillende orgelconcerten in Frankrijk en België, verzorgde ze ook de begeleiding op orgel of op harmonium van koren en ensembles als het Vlaams Radio Koor en Vlaams Radio Orkest, het Choeur de Namur, Prometheusensemble en Oxalys ensemble.
Ter gelegenheid van de opening van de tentoonstelling 450 jaar Stadhuis Antwerpen (februari 2015) bespeelde ze het pas gerestaureerde Mustel-harmonium, dat ze enkele jaren geleden zelf van onder het stof haalde.